南昌市以理順職能、高效運轉為目標，以優化協同高效為原則，深入做好機構改革“后半篇文章”。
一、優化整合機構，力求機構設置更加精簡統一。根據形勢任務變化情況和經濟社會發展需要，對部分機構進行優化整合，該精簡的精簡，該加強的加強，力求結構布局更加優化，機構設置更為精簡，上下銜接更加通暢。著眼于從機構職能和體制機制上促進政務數據與政務服務深度融合，以政務數據助推政務服務提速，將市行政審批局與市大數據發展管理局整合，組建市政務服務數據管理局。針對商務行政管理職責、住房和城鄉建設管理職責分別由兩個政府工作部門承擔，不利于集中統一管理的問題，整合市投資促進局與市商務局的機構職責，重新組建市商務局；整合市住房保障和房產管理局與市城鄉建設局的機構職責，組建市住房和城鄉建設局。為強化對中小企業的扶持，新組建了市中小企業服務局。通過整合精簡了機構、編制和領導職數。在對市本級機構進行調整優化的同時，按照上下貫通、執行有力的要求，指導縣區在機構限額內，統一整合組建了政務服務數據管理機構、商務管理機構、住房和城鄉建設管理機構，以獨立或掛牌方式設置了中小企業服務機構。
二、理順管理職責，力求機構運行更加協同高效。密切跟蹤改革后機構職能運行情況，針對運行中出現的新情況新問題，及時研究，反復論證，該調整的調整，進一步理順職責，厘清邊界。重點調整優化了城市供排水排污、城市排澇、污水管網建設工程管理等部分涉水管理職能，厘清了城管、水利和建設部門的職責邊界；針對市、縣糧食行政主管部門設置上下不對口的情況，調整糧食管理體制，確保市域范圍內糧食行政主管部門對口設置；厘清有關部門對預拌混凝土企業監管的職責邊界，明確了工信部門、住建部門的相關協調配合機制，解決了多頭監管問題；針對市級綜合考核工作分屬多個部門的問題，明確考核工作統一由市委組織部負責。
三、加強清理規范，力求機構編制管理更加規范到位。按照優化協同高效的原則和要求，全面審視機構設置和運行中存在的問題，摒棄“因人設事”、“機構編制多多益善”的觀念，該規范的堅決規范，該減少的堅決減少，該清理的堅決清理。針對市縣部分黨政機構的內設機構及其領導職數與編制數量不匹配，存在超標準設置內設機構或配備內設機構領導職數的問題，認真組織開展了黨政機構內設機構及其領導職數清理規范工作，撤并或核銷市直黨政機構中編制不達標的內設機構和領導職數。針對市“四大家”秘書長和辦公室主任分設、層級過多，不利于集中統一領導管理的問題，明確市“四大家”秘書長兼任辦公室主任。針對議事協調機構設置不規范、過多過濫，影響機構職能正常發揮的問題，一方面，開展了市級議事協調機構清理規范工作，清理重復交叉分散設置、主要任務已完成、長期未開展工作或職能發揮不明顯的市級議事協調機構，對部分市級議事協調機構中關聯度不高的成員單位進行了大幅精簡；另一方面，建立了議事協調機構設立審核審批制度，由市委編辦對議事協調機構設立的必要性和成員單位的確定進行前置審核。